Año 1944, posguerra española. Ofelia y su madre, Carmen, que está embarazada, se trasladan a un pequeño pueblo al que ha sido destinado Vidal, el actual y reciente marido de Carmen, un cruel capitán del ejército franquista por quien la niña no siente afecto alguno. La misión de Vidal es acabar con los últimos miembros de la resistencia republicana que permanecen escondidos en los montes de la zona. Allí viven Mercedes, el ama de llaves, y el médico que se hará cargo del delicado estado de salud de Carmen. Una noche, Ofelia descubre las ruinas de un laberinto, y allí encuentra a un fauno, una extraña criatura que le hace una sorprendente revelación: ella es en realidad una princesa, la última de su estirpe, y los suyos la esperan desde hace mucho tiempo. Para poder regresar a su mágico reino, la niña deberá enfrentarse a tres pruebas.
